清华大学交叉信息研究院研究生教育包括计算机科学与技术和物理学两个学科方向，以培养富有杰出信息科学才能、优异综合素质和敏锐创新精神的精英人才为宗旨，借鉴国际先进的培养模式和方案，遵循因材施教、重点培养的原则，设置多样化培养模式和个性化培养方案，为培养优秀研究生、充分发挥学生个性、发掘学生潜能提供优越的平台。

目前，院在读研究生167人，其中博士生132人，硕士生35人。交叉信息研究院采用国际化教材，面向研究生实施个性化人才培养。姚期智教授定期与在读研究生开展面对面的学术交流，亲自指导学生的科学研究，以帮助研究生尽早向科研方向发展。研究生现已成为研究院的科研主力军。

为了落实国际化学生培养的计划，开拓学生的视野，促使他们的研究工作与国际接轨，交叉信息研究院在研究生培养工作中强化了国际交流力度。一方面，长期聘请国际知名学者和访问教授，开设组内课程和专题讲座，以让研究生开阔视野、启迪智慧、提高创新能力的目的，取得了良好的效果；另一方面，多维度资助和派遣优秀研究生前往欧、美、亚洲等国家和香港地区进行出国学习、交流和深造，为学生提供众多跨文化的交流机会和国际化的实践机会。

截至2021年1月，交叉信息研究院已经培养了99名博士毕业生，53名硕士研究生，初步形成了一支遍布世界的信息学科重点科研单位的青年科研团队，在普林斯顿大学、卡耐基梅隆大学、奥胡斯大学、香港城市大学、哥伦比亚大学、南加州大学、中科院、微软、谷歌、脸书、百度、华为等研究或工作领域崭露头角。